Конечно меряется от уровня земли. Представье что вы будете мерить высоту, скажем граната, вместе корневой системой... а если в открытом грунте? Гранат взял для примера т.к. его выращивают и там и там. А если мерить саксаул у которого корни уходят в глубину на десятки метров?